Manes.01G009400.1.v6.1 (mRNA)

Overview
NameManes.01G009400.1
Unique NameManes.01G009400.1.v6.1
TypemRNA
OrganismManihot esculenta (Cassava)
Sequence length9969
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Chromosome01chromosomeChromosome01:1612553..1622521 +
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Whole Genome Assembly and Annotation of Manihot esculenta (JGI)2015-07-22
Properties
Property NameValue
Pacid32357264
Longest1
AncestorIdentifiercassava4.1_003645m.v4.1
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesType
Manes.01G009400Manes.01G009400.v6.1Manihot esculentagene


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesType
Manes.01G009400.1Manes.01G009400.1.v6.1-proteinManihot esculentapolypeptide


The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesType
Manes.01G009400.1.v6.1.five_prime_UTR.1Manes.01G009400.1.v6.1.five_prime_UTR.1Manihot esculentafive_prime_UTR
Manes.01G009400.1.v6.1.five_prime_UTR.2Manes.01G009400.1.v6.1.five_prime_UTR.2Manihot esculentafive_prime_UTR


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesType
Manes.01G009400.1.v6.1.CDS.1Manes.01G009400.1.v6.1.CDS.1Manihot esculentaCDS
Manes.01G009400.1.v6.1.CDS.2Manes.01G009400.1.v6.1.CDS.2Manihot esculentaCDS
Manes.01G009400.1.v6.1.CDS.3Manes.01G009400.1.v6.1.CDS.3Manihot esculentaCDS


The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesType
Manes.01G009400.1.v6.1.three_prime_UTR.1Manes.01G009400.1.v6.1.three_prime_UTR.1Manihot esculentathree_prime_UTR


Sequences
The following sequences are available for this feature:

mRNA sequence

>Manes.01G009400.1.v6.1 ID=Manes.01G009400.1.v6.1|Name=Manes.01G009400.1|organism=Manihot esculenta|type=mRNA|length=9969bp
TTGGGTATCTAAAAAAGAAAGAAAAAAAAAAAAAACTAAATTCTATCAAA
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GGAGTCATAATTCCTTCACCTTTAACTCCGCTGGCTTCTTTGTCTTTCTG
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CCACTGCATTCTTTGATTAAGTAACATCTTCCTTGATCCCTTCTTGCAGG
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TGCTCTTAATTTCATCATAGAACTAGTGCTGCTCTTGGTCCTTCCCTTGA
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TTTGGAACATCACCTTCCTCCATTTTTGGTTCGTGCCCCCACCAGCACTG
GCTAGAAGGATTTCACCGCAGAATTTCACAACAGTTTTCCCCTTTGTACC
TCCTTATATGCTATAGACAATAACAAAAATCTGGGCAGTGGTTAAGGTGA
AAACTTTTTAAGGTTTGCCAATTTTCCTTCCATAATTTGGTTGGCTAAAT
TCCTATCATCGTCTCTGCAATCTCTATAGCATATATCATCTGTGTTAATG
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AAAGGGTTGATATATGGTGCGAATGTATATTAGCCAAGTATTACTCTTTT
GTTATCTCTTGCTTTTCTCTTATTTTCTTCCCCATGTATCACTCATTCTT
ATGCATCTGTTGCCTCTTT
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mRNA from alignment at Chromosome01:1612553..1622521+

Legend: five_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Manes.01G009400.1.v6.1 ID=Manes.01G009400.1.v6.1|Name=Manes.01G009400.1|organism=Manihot esculenta|type=mRNA|length=9969bp|location=Sequence derived from alignment at Chromosome01:1612553..1622521+ (Manihot esculenta)
TTGGGTATCTAAAAAAGAAAGAAAAAAAAAAAAAACTAAATTCTATCAAA TACTGAATACCAGTGGCAGAGGGTTTTTCTCTTCCCTTTTCTCTCTCTCC ATCTCTCAATTTACAGTTCAGGTTAGCTATCACAATCTCTCTTTAATTCT TATTACTATTTCGGCTTTCTGATTTTCCATTCTTTTTTGTTTTCTATTTC CTGTAATTTTTCTCTATCTCCGAACAACCTTTCTTTGGTTAGTTGCTGGA ATATCTTTGGGTTATTTGTTTATTTATTTAGAAATTAAGTTACTTGTTGA TTGTTGTACCTGCATATTGATGCAAATGCGTTTTCTGTTTTAGGGTTTGG TTCTGGATCCTTGACTCGATTGTTGAATGAGGGAGTTTCCGGATTTCTAG GGTTTTCTACTGATGGAACTGTTTACCCATTTCTCCTCAATCAGTGGGAT TGCTTATTTTGGTCGTTTTTCTGCCTGTTTACACTGGATTCCGATTATTT GAAGCGTGCCAGATACAGATTTGGTTTGAAATACTAAGTGATCCTTTTAC GGATTTGATTTGGGGTTTAATCTCGGAGTTTTTATTTTTTTTTCTTACCA ATTGGGGTTTTTACTTCTTTTCTTTATTGGATGAAATCATATAGCGCTAT GAATTGTCTGAAATAAGGGAAAGAAAATTGGAATTTCTTTTTAAGGCAAC AGGCATTTCTTTCTGTGGAATTGGGACTTTGAAGGAGGACAATTTCATTA CCATTTTCCAATATAAGGTTTGTCAGTTAGTAGTTTTTGCAAGGATGTTT CCTTCTGTTGTCAGTAAGAAATAAGCTTTTGCCCTTTTTTTTTCTCCCTT TATTTTTTTTTGGTGCTGGGAGCTTGCATAGATAGTAAAAATGGAAAAAG AGAGGGCATATGTAGAAGGGACCAACATTTGTATGGGTGATGAGGTTAAC 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TTCTGTTCATGATTTTTCAATATCTTATTTATAGGCAAAATAATTTTCAG TTGTGCACTTTTATTTTGCAAGAGAGTATTGCTTTATCATGCAAATAAGT TAAATGAACAACTTTTATGAATGAGAGAAAACAGGGGGGCTGTTGCCAGT CACTTGGAGGTATAGAGATCAACAATAAACTGAACATCTTTTGGAATAGT CAGCATAACATTTCATGTTTTCCTGAAAACTTTTCTATTTCTGATGAAAA TGCTTCTCTTATGGGAGATTTGTTGGAAGTTGATAGCTTTTATTTATGAC AGCCTTTTTCTGTAGGTTTAGCCTTTTGGCCTTTGTTTCTACCTTCTATC TTACCATCATTGCTTGCTATTTTTTCACTTAAAATTAAGGTTCTCTCAAG TTGCCTATTTCTATCGGCAATTGTAAACTTTCTCCTTTTTGCTTTTTTAA GGTTTTATAAAAATTTTTAGAAGGGAAGTTGAAGTAATTCATAATTAGGT GTGAAGGATGAGTTGTAGTTTTTTGTTTCAAAATTTTCTTTGTTTTGGTG TTAAGTGCATGTATGTTCAAATGCTTGGGAAAACATGCATTTTTTGTTTG TTCAGCTTTTTTGTTTGATATTCTCGGTCCAGCTTTTTGTCTTACAGAAG CACTTGTTTACAAGCATTTCCGGCTCCTGAATATAAAATTAGCTTGTCTA CTTAGTTATATATTATATTTAGGAATATTTGCTTGCAATATGCTTAACTA GATTTTCACATCAGAGTGGTTGACATTGCCCATATGAATATTTTTTCTCC ATCCCTTTTGGTATAAGGCTCCTAGTCTTGTAATGGCTAAAATATTTATT TTTTTTACCTTTTTCTTCCCCAGTCCTCATGCCATCCTAGATCTATCTCT TGATCTCTTTTCTCCTACAATATCAATTTGCTCAACCTCTTATGCTTGTT 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AAAAATTTTCTCCAAAAAGCCCTGTTATTATGGATCATAATTCCTTTCCG CCACTGCATTCTTTGATTAAGTAACATCTTCCTTGATCCCTTCTTGCAGG TTCTTGAAGTCAGCTCTCAAAATATCCTCCTTAAATAAAAATTTCTCAAT TGCTCTTAATTTCATCATAGAACTAGTGCTGCTCTTGGTCCTTCCCTTGA GAATTCAGAAACTCTCTTGGAGTTGGCAAGATTCCCTTGCTGCGCTCCAT TGATTTCCTGTCACTAGACTCTGTTTCTTTTTATTTGCCCCCCATAATAA AGGCTAACATTCGGGATTTTAACTCCATTACTGCATTCTTGGATTCAGTA ACATCCCTTTGAATGCCCTCTTGCATATTCTTGAGATTCACCCTGCAGCA CCCTCAACCTTTCTTCTAGTTTTGCCAGCCTGATAGCATCTTGGCTCACC ACCTCAGATGTAGCCATGGATTCCGATTCAAAATGAACAGATTGCATATA AAATCCTCACCATCTTGTTCTGATACCAAGTGTCTGTCTTTGATATGTAG GTATGTTATGTTGTGTTCTCAATTCTCATCTATATTTTATCTATTTTGTT GGTTGATTTTCTTTGTTTTAGATATTTCATCAAGGAGGTTGTTTAGGTAA TTATTATATTTGGAGAAAAAATATTGTGCTTAGTTCTGTGCTTTTAGAGA ATATTTTGCATGTATGTTGTTGTTCAGAGCTCCAAATGCTACAAGTTCTG CCAGCACTGGGAGAATTCTCTGGCCTAAAATAAGATCTTCTTGTGTAGAA AGTTTTCTAAGTCTTGCTATGGCAAAATCATATGTAGGCAGCGAGAGTTG TTTCCTGTTTTGCCATTCAACTCAGTGATAGTAAAAAGGTCTAATGACCC AAAAAACCAGAAAGTTGGTCCAAACACCAAATATCAATTTTGGCTTTTGC 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TTTTTACTTTTCAGGATGACAATTCAATTTGTTTGTCTTTTTTTTTTTGT GTACTTTTCTTGGGAAAGAAAAAAAAGTTTCTATTTTTATTTGGACAGAA TCTTGCAAGTTTATTTCAGAGGGCAAGAAATATGGTTAGGATACTGTTTA ATATCCATGTCCAGTCCTCTGCAATTATCAATTACTAGGTGGTGCTAGTG GTGATATGAAATGCTTTTCCATCTTTTAATAGTTGCAAATGACTTTTTTA TGGTAAAGAAAAAGGAAAATAGGAGCTGAGGTAAACACTTGTGGGAAAAA CATTGTAGATATATTGTTTTCTTTTTCATGTAAAATTTAACAAATGGTGC TGGCTGAAAACAATATGTGATAGGCTCAGGATTGGAGCCATTGATTGGAA ATTTTTGTTTGGTTATGATAAAGAAAGTAATAGTTAAAACAAAAAGAGAT AGGCAGAGATTGAAAGTTGAATTACAATGCTGACTTTTTTATTTGCAATG AAAGATTGCATTTACTCATGCTTAGGGACTCTGTTTATTATCTTTTGTTT AACTTGCAAAAGGCTTTTTGCTGGAACAACACTAGAAAAGTTGGAGTTAT CATCTAAGAGTGATTGAGCCTTTTGTTGATCACATGACTATGCTTAGATG ATATACAAACTTAATGAGTGAGCTAGATAAGTTATCCAAAGATTGTAGAG CATACACTATAAATGCATGCAAACTAGGGGTGTGCGGTTCTGGTTCGGGT CTGCCTAGGAGTCAGAACCAAATTGAATTGGTACATTTCTGTTTTAGTTT TTTTATGTTTTGATTGGTTCTCAGTACTTTGTTTCTGGTCCAGTTCAGTT TTTGGCTCTTGAAACAATTTTAAACAATTATTTCTATGGAGAGTCATGCT TGAATTTATTATTTAAGCTCTAAAATTATTAAATGGGTTGTTAAGCTTTC TTCTTAGTTATAATCTTCGATTATAAAGTATATATACAATTTAGGATTAT GCATGTTATATAGAATGATAGTACAAATATATTTATACCCTTTTTAGCTG TTTCTTAAGCATTTAATTTAACTGTAGGGTATACATGTAATATTAAGAAT TGAGCATATATATAAGAATTTAAGGGATTAATGCGTTTGTAACTAAATTA TTAATAAAAAGGTATAAGAATGACTGATGATACTAGGTTGTATATAATAT ATATAATAATTACAGTCTGTGTCCACATATATAAATTACAAGTTTAATTG CAAATAAATTATTATTATATTGACAGTATATCTCTAAACAAAATTATAGA AAAATTTATGTACAAAATAGGTTCTTCGTTCGGTAGTTATCCAATATGGT TTCTGTTTGGTTCTTACTGAAGTAACAGACATACTTAAATAGTAAAGTAC GTTTTGTTTGTTATGGGTTTTCATCGGTTCGGTATGGTTCGGTTTAACCA TGCACTCTCCCAATTAGCAAACCGGGGTTTGCTAGTGAAAACTTAGCAGG TAAAAGGGTTGTGTTTTTTCCTGAATTTAAAGGATGGTTTCCTTCATATG ATCCTTGAAATGTATTGTACTTGTGAACCAGTATATATGTGTGTGTGTGC GCGTGTATTTGTACAGTCTGCCTGATTAGAGTGTTCCTCAAACTTATTAG TTAGAAAATAGAGGAATCCCTTTGAATCATAAAATATGGTTCTGCTTGTA GTCTTGAAACAATTAAGATAGTAGGGAATCCATTTGATGCTGTATTGGAT AGATGGGGTCATTAAGATTCCAGAATATAATCCATATAAAGTAAATGTTT TAAAATTTTTTAGTTCAGATCTCAGTTTGTATATTTGAAGTAGCCATTAA CCAAAAAACATGCAAGTTTTTGGAGCATGAATTAGCTTCTAGTGTTTGTA TCTATGAGAATATGTTGGCCAAATTTGTGTTGGTTGTTTTTTACATGCTC TGATGCTTTAACATGTGTCCTTTTTCTCCTGTCTCAACCTTCGATTACTT TTCAATCTACAAAAGGCATCCTTTTTATACATTTGTTTCCCACGAAGAGA GTGGGAGAGGGAGAGTACTTGAGATTTTGTTGATGCTATCTAAATTGAAT TTACTTATCATTTTTGCTTATCTAACATGGGATTTGTCTGTTCAGATTGC CCAAAGGAACAGCTTGGATGTTGATGTTGATTTGGCCCTTGGTTTTGCTT CTCATTACTGCAAAATTGGTACAATGGAATGTCTAGTAGAAGAGGGAAAC GCTATAGCTTTCTTAGGCCCTTTGATGAGAGCGGCAGAAAGGGGCTGTAT GCAAGTTGTTCAGTGGTTTGTGAACAGGGGTTGCCGTGACATGGAACTCT GCCTTGCCCTTACAGCTGCCACTTCTAGTAGCCAAGTTGATGTTGCTGCA TATCTGCTTCCTCATGTACCTCAGCATGTTCTTGCTGCCCTGAGTATTGA AATTCTCAAGGCTGCTGGTGAGCGAAGTGGTGGGTCACTTGATGGAGTGG CATTTCTCCTTCGTTCTGATTTCTTAGGTGATCCTGCTGCTTCTTATGCT GTTGCAGACAGCATTGCTAGGTCAGACGACGAGGTTGTTGCCCCTGAGCT GAGAGCTTTTCTTCAGGAGCACTGGTCAGAGGCAGCTTTCTTGGATGGAT TAAGACAAGGTCAAGAACATTACATGAATCTAGTAAGGATTTTAAAATGG GGTGGGTCTCCTATGTGCATAAGAGATCTGCCAGGCCCTCTAAGGGTGGC AATCGCGTACCTGCCACTGTATAGGGAGTGTATTGCAGCAGGTGGTAGTC TATTTTCACAAAGGCTAAGAGGGCAGCTTGTCGAAGCCGTGAGAAGGTTG GGAGGTGGGTCTTTAGAAGGGGTGAGTCAGGGCGGAGAGCTTCTGGCTAT TTTGGAACATCACCTTCCTCCATTTTTGGTTCGTGCCCCCACCAGCACTG GCTAGAAGGATTTCACCGCAGAATTTCACAACAGTTTTCCCCTTTGTACC TCCTTATATGCTATAGACAATAACAAAAATCTGGGCAGTGGTTAAGGTGA AAACTTTTTAAGGTTTGCCAATTTTCCTTCCATAATTTGGTTGGCTAAAT TCCTATCATCGTCTCTGCAATCTCTATAGCATATATCATCTGTGTTAATG GATAAGCATGTTGATCTGTAATGTATAAGACACAGAGCAAGTATTGTCAC AAAGGGTTGATATATGGTGCGAATGTATATTAGCCAAGTATTACTCTTTT GTTATCTCTTGCTTTTCTCTTATTTTCTTCCCCATGTATCACTCATTCTT ATGCATCTGTTGCCTCTTT
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Coding sequence (CDS) from alignment at Chromosome01:1612553..1622521+

>Manes.01G009400.1.v6.1 ID=Manes.01G009400.1.v6.1|Name=Manes.01G009400.1|organism=Manihot esculenta|type=CDS|length=1881bp|location=Sequence derived from alignment at Chromosome01:1612553..1622521+ (Manihot esculenta)
ATGGAAAAAGAGAGGGCATATGTAGAAGGGACCAACATTTGTATGGGTGA
TGAGGTTAACCCAGAAGACTCCTTTTGTGGTGAAATGGAAATTGAAGAGA
ATGAGATTGGAAGTACGAAGAATGAAATTCAACAGTTAACATCAGAAAAA
GGTGAAGGAAGTAATGTGGTTTTCTCAAGAGAAGGACCCCTTGTTAGTAA
AGAGTCAAGAAGGTGTGGTGTGTATCGTTGTGGTGCAAAGAAACTCAAGT
CACATGCTGTTGTAACCGAGTCTGAGATTGGCAAGAAAGAGAATATTGGC
CATGACAGGAAACTCACTAAACAAGACAGGATCGAGTTAGGTCGGTTGTT
TCAGGGTGCAGTGAGTTCACATGATTGGGAACTTGCTGAAAATTTGATCC
AATTGGCAGATCCGCAGACCCTCAATGATGCCTTGTGCATCACTCTGGAC
TCCATTTGGTTTTTGAGCACGCAGCAAGAGCTTAATGGGATAACTGGATT
GATCAAGAAGATCATTGCTAACGGTGCTTATGATTTCACCAGAGCTGCTC
TTAGGACATCTTTTCTGGCTTCATGTGTTTCTGCCTGCCAGAGCCGAACA
ATGAGTCTTGCAGATACCGTAACCGTGATGGCTCAAAGGCTGCATGAGCG
TCTCCAGGAATGCAATGGGGATGAGGTCTTGAAGGCAGAGGCTGGTGCCA
AGGTTCAAAAGTTCACTGAATGGGCTTTGAAATGTATAGGTTTTCATTCT
CGTTGCCAGGGAAATAGGGATAGAGTGAGTCATAACTCTGCCATTGAGAT
TCAACTTCAATTATCTGCATTCAAGACATTTTTAGACCTAGCCGGCAATC
ATCTCACGGGGAAGGACTTTACAGAGGCCTTTGATGCAGCTTGTTTTCCT
CTTACTTTATTCTCTAGTTCATTTGATCCTGGCTGGGCATCTGGGATATC
AGCTACTGCAATCCAAGGATTGTTGGGTATGCTAGTTGAAGGGGGGGCTG
ACAATGTCAACCAGTGTTTTCTTGAAGCCTCTCGTTTTGGAAGTACAGAA
CTTGTGCGCATCTTATTGCAGATTGCCCAAAGGAACAGCTTGGATGTTGA
TGTTGATTTGGCCCTTGGTTTTGCTTCTCATTACTGCAAAATTGGTACAA
TGGAATGTCTAGTAGAAGAGGGAAACGCTATAGCTTTCTTAGGCCCTTTG
ATGAGAGCGGCAGAAAGGGGCTGTATGCAAGTTGTTCAGTGGTTTGTGAA
CAGGGGTTGCCGTGACATGGAACTCTGCCTTGCCCTTACAGCTGCCACTT
CTAGTAGCCAAGTTGATGTTGCTGCATATCTGCTTCCTCATGTACCTCAG
CATGTTCTTGCTGCCCTGAGTATTGAAATTCTCAAGGCTGCTGGTGAGCG
AAGTGGTGGGTCACTTGATGGAGTGGCATTTCTCCTTCGTTCTGATTTCT
TAGGTGATCCTGCTGCTTCTTATGCTGTTGCAGACAGCATTGCTAGGTCA
GACGACGAGGTTGTTGCCCCTGAGCTGAGAGCTTTTCTTCAGGAGCACTG
GTCAGAGGCAGCTTTCTTGGATGGATTAAGACAAGGTCAAGAACATTACA
TGAATCTAGTAAGGATTTTAAAATGGGGTGGGTCTCCTATGTGCATAAGA
GATCTGCCAGGCCCTCTAAGGGTGGCAATCGCGTACCTGCCACTGTATAG
GGAGTGTATTGCAGCAGGTGGTAGTCTATTTTCACAAAGGCTAAGAGGGC
AGCTTGTCGAAGCCGTGAGAAGGTTGGGAGGTGGGTCTTTAGAAGGGGTG
AGTCAGGGCGGAGAGCTTCTGGCTATTTTGGAACATCACCTTCCTCCATT
TTTGGTTCGTGCCCCCACCAGCACTGGCTAG
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