Manes.01G006100.1.v6.1 (mRNA)

Overview
NameManes.01G006100.1
Unique NameManes.01G006100.1.v6.1
TypemRNA
OrganismManihot esculenta (Cassava)
Sequence length3354
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Chromosome01chromosomeChromosome01:1096328..1099681 +
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Whole Genome Assembly and Annotation of Manihot esculenta (JGI)2015-07-22
Properties
Property NameValue
Pacid32358490
Longest1
AncestorIdentifiercassava4.1_018468m.v4.1
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesType
Manes.01G006100Manes.01G006100.v6.1Manihot esculentagene


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesType
Manes.01G006100.1Manes.01G006100.1.v6.1-proteinManihot esculentapolypeptide


The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesType
Manes.01G006100.1.v6.1.five_prime_UTR.1Manes.01G006100.1.v6.1.five_prime_UTR.1Manihot esculentafive_prime_UTR
Manes.01G006100.1.v6.1.five_prime_UTR.2Manes.01G006100.1.v6.1.five_prime_UTR.2Manihot esculentafive_prime_UTR


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesType
Manes.01G006100.1.v6.1.CDS.1Manes.01G006100.1.v6.1.CDS.1Manihot esculentaCDS
Manes.01G006100.1.v6.1.CDS.2Manes.01G006100.1.v6.1.CDS.2Manihot esculentaCDS
Manes.01G006100.1.v6.1.CDS.3Manes.01G006100.1.v6.1.CDS.3Manihot esculentaCDS
Manes.01G006100.1.v6.1.CDS.4Manes.01G006100.1.v6.1.CDS.4Manihot esculentaCDS


The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesType
Manes.01G006100.1.v6.1.three_prime_UTR.1Manes.01G006100.1.v6.1.three_prime_UTR.1Manihot esculentathree_prime_UTR


Sequences
The following sequences are available for this feature:

mRNA sequence

>Manes.01G006100.1.v6.1 ID=Manes.01G006100.1.v6.1|Name=Manes.01G006100.1|organism=Manihot esculenta|type=mRNA|length=3354bp
CAAAGAGTCACCGCCACAAGGCAATTTAAGCATCTCAATTTCTCACAAAT
TCTCTTCACTCTCTTTACGCTAGCCAAATCACATAGAGCTCAGCTCCAAC
CCCGGAGTTGCCATCGAAACCCTAGTCCACAGGTAATCAAATTCCAACAC
CAAGCTTCCTGTTTCTTTTCTTTTTATGCTTCTTTTTTGGTTGAATGTTA
ATTACTGATTTGTTTTTGAGGCTTATGGCTCCGATTGTTGATTTTAATGT
TCAGAATTTTCTATCTTGCATGCCATGGAGCTTTTTCTACCTATATTTTT
AAGATTTTTTTGGGTTTTTGTGTATATATAACAATTTTTTAGATTACCTT
GAGAACCCTTTGTCTTTCAAAAAGAATTTATTTGTACTCATGATTGGGAG
TTGGATTCATTAAAAAAAAAATTAAATTTATGTCATTTGTGTTAATTTTT
TATTACTTTATCTACTGCCCAGTGTATATAGATTGCCAAGTTGCCTTCAG
TGTCAGTGTTTCAGTTTTTTTTATTTAGTTTTCTTTTCTTTAACAGATGT
GATCATTGTTTTTCTGTTTATTTTCCCTGAAAATTAAGTGGATTATTTGT
TTTGTGGGCTTTTTGTTTTGGAGAGTTTGGCATTTCATGGCATGATTTCT
AAATGGGACCAAATGATTTTTGGGTGCTTCCGTTTTAATTTTTGACTTGA
GTCCAGTACTCGGGAATATTATAAAATCTTGAGAAATACATAATGATTTG
CGTCATATCTGTCTGTCCGGTTTACAACATACTTACCCTTTGTTATAATT
AAATTGGATTGTATCAGTCCAGATCATCCTGTCAGAGGTCCTTTATTTTT
TATTTTTTAATCTAATCAGAGTTGAATATGCAATTAATAATTTTCATCTG
TTCTTGCAGTTGCAGAGAATTTGTGATGGCTTCAAAACGGATTAACAAGG
AATTGAAGGACCTGCAACGTGATCCTCCAGCTTCGTGCAGTGCTGGTACA
TTTCTTTATTACCATGTAGCCGAATCCTGAGTAATCTGTCTTGTCTTGGC
ATAATTTGGAGAAGTTGGATATTAACAATTGATGTGTATGCATACATCAT
ACTTCGGATTTTATTTGATAAAATTAATTGCATGTTTTTGAACCTTGTAT
TAATTTCAACTCATTGAAGGCAACTAAGCCTTAATTTCAATTGTACATAG
CTGACAGAAGGAACAGTTAAGTAGAAAGGACAAAGATAATGGTGTAAAAG
ATTGCTTGATGGGAAAATTGATTAGTTCTTCTTTGAGTAAATATTGTTCA
TCACCCTAAATTTTTTCTTTTCGACCTATAAGTTCTCAATTTGAGATCAT
TTTCTGGGGGCGTTTATAGAATTTAATGCGTCAGTAGATCAGTTGCACAG
TCCATTACCTCGAGCATTGTTTGGCCTTTCCCTTTCTAATATCTAGACCA
GATTGTATGTCATGCCACAGAAAGCTGATGAGGGCTAATTAGATTTTAGC
CAAAATATATGCTATTTTTACAAGTGTGTGCACAGGACCGGTTGCTGATG
ACATGTTCCACTGGCAAGCAACAATCATGGGTCCAGCTGATAGCCCATTT
GCTGGTGGTGTGTTTCTTGTAACAATTCACTTTCCTCCAGATTATCCCTT
CAAGCCGCCCAAGGTAATATATATACTCTTTTGGACTTTCATTTCTGTTT
CAATTTATTGATTATCCTACCCTTATCATTTATCATTTATAATTTATCAT
ACTTCTTTCTGTGCATAGAACAGTTATTTTAATCATTTATATTATTTGGG
CGTTAGATGTTCTGTTCTCTTGCTAATAAAAGATTAAGTGATTGGCACTC
GAATGCCTTTTCTATCATCTTTTGTATGTGTTACACAGTCTCTCTCTCTC
TTTCTCTCTCTCTGGTAGTTGTCATTTCTTTATTCTGTTCTATAGCTTAC
TTCATAAAATGTTGAAAGTGTAGGATCTGAATGCACATTGTATATATAGT
GTTTGCAGCTAGGCAATCTCCCATGGATCTGATGGTTTAGAATGTAAACT
CATTGCACATTTTTCTTGGCAAGTTCTTAATTATGTTGAATGGGGATGCA
TATAATTTTTTGCTTGCTTATTGCATCTCTCATTATGGGATATGATAGAA
GTTATTGCTTTGTTTTGATTTCCTTCTAACAGTAGAAATAATCTGGATAG
GTTTCCTTCCGAACTAAAGTTTTCCATCCAAACATCAACAGTAATGGTAG
CATATGTCTTGACATTCTCAAAGAGCAATGGAGCCCTGCCCTTACTATAT
CCAAGGTATTATTACTTTTCCCTCAAGATTCATTGTTATGGTCCCAGGTC
ATGGATCGTGGCACAAAATGATTGATAGGAAAGGAGCTTAGTGGAGGGAG
CTTTTAACACCTCAGATTCATTAACGAGAGAGTCTTAAATCTCAATTGTA
TTTGCAATTTATCTGTTTATTGAATAAAAATGGACCCTTGTATAGTGAAA
GTTTATACATTCATAGTATTTCTAATTAAAATAGAAGTCTAATACAAGTA
ATTCTTAGATAATAAATTATTAAGATAAAAGATAAAGATAAAGATAAAAA
TCCCATAATAAGATAAGATAATACAGATAATAAATTGGTAGATAAATATG
ATTTGTTTGTTATGGATTTGATCTATCTGTTATCCAATTAGTAGATAAAC
ATAATCTATTTGTTATGATTTAGTCTATCTATAATTCATATATTCATTGT
TTTCTTTCACTGCGTAAATCATGACTGTTTTCATTCTGTCTAACCAAATT
TGTGTTCTATATATCTTCTCATGAGATGCAATCTATTATAATTCATGATT
TTATTATGCTGATGTTAGATTTGCATTAAATTTCTAACTAGGTATAAGAT
TCTCTCTTGTAGGTTCTCTTGTCAATCTGCTCGCTCCTGACTGATCCAAA
CCCAGATGACCCGTTGGTGCCCGAGATTGCTCACATGTACAAATCAGACA
GAGCCAAGTATGAGGCTACTGCTAGATCCTGGACCCAGAAATATGCCATG
GGTTAGGTCTCCACATCTTGCTGATCTACGTAATTTGCCTTGTCTTTTTA
GTAAATAATAGAAACTTCGGGATCAACTTGGTTGCCTTTGTTTTAAATAT
GATATTGGAGTTTTTTCCGTAATGAGAAATTACATTAACAGTGGAACACA
ATCATAGTAAAGATCCTAGTACTTTGGATACTACTATGCACATTTGATGG
AGAAACTCTTCAGGAGTTGGTGGGTGCAGGCTGTCTTTCAAATTATAATG
CAGCATGTTTAGGAAATTCTTAGGTGGATCCTGTCCGTTATTAGGTGTGT
AAAC
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mRNA from alignment at Chromosome01:1096328..1099681+

Legend: five_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Manes.01G006100.1.v6.1 ID=Manes.01G006100.1.v6.1|Name=Manes.01G006100.1|organism=Manihot esculenta|type=mRNA|length=3354bp|location=Sequence derived from alignment at Chromosome01:1096328..1099681+ (Manihot esculenta)
CAAAGAGTCACCGCCACAAGGCAATTTAAGCATCTCAATTTCTCACAAAT TCTCTTCACTCTCTTTACGCTAGCCAAATCACATAGAGCTCAGCTCCAAC CCCGGAGTTGCCATCGAAACCCTAGTCCACAGGTAATCAAATTCCAACAC CAAGCTTCCTGTTTCTTTTCTTTTTATGCTTCTTTTTTGGTTGAATGTTA ATTACTGATTTGTTTTTGAGGCTTATGGCTCCGATTGTTGATTTTAATGT TCAGAATTTTCTATCTTGCATGCCATGGAGCTTTTTCTACCTATATTTTT AAGATTTTTTTGGGTTTTTGTGTATATATAACAATTTTTTAGATTACCTT GAGAACCCTTTGTCTTTCAAAAAGAATTTATTTGTACTCATGATTGGGAG TTGGATTCATTAAAAAAAAAATTAAATTTATGTCATTTGTGTTAATTTTT TATTACTTTATCTACTGCCCAGTGTATATAGATTGCCAAGTTGCCTTCAG TGTCAGTGTTTCAGTTTTTTTTATTTAGTTTTCTTTTCTTTAACAGATGT GATCATTGTTTTTCTGTTTATTTTCCCTGAAAATTAAGTGGATTATTTGT TTTGTGGGCTTTTTGTTTTGGAGAGTTTGGCATTTCATGGCATGATTTCT AAATGGGACCAAATGATTTTTGGGTGCTTCCGTTTTAATTTTTGACTTGA GTCCAGTACTCGGGAATATTATAAAATCTTGAGAAATACATAATGATTTG CGTCATATCTGTCTGTCCGGTTTACAACATACTTACCCTTTGTTATAATT AAATTGGATTGTATCAGTCCAGATCATCCTGTCAGAGGTCCTTTATTTTT TATTTTTTAATCTAATCAGAGTTGAATATGCAATTAATAATTTTCATCTG TTCTTGCAGTTGCAGAGAATTTGTGATGGCTTCAAAACGGATTAACAAGG AATTGAAGGACCTGCAACGTGATCCTCCAGCTTCGTGCAGTGCTGGTACA TTTCTTTATTACCATGTAGCCGAATCCTGAGTAATCTGTCTTGTCTTGGC ATAATTTGGAGAAGTTGGATATTAACAATTGATGTGTATGCATACATCAT ACTTCGGATTTTATTTGATAAAATTAATTGCATGTTTTTGAACCTTGTAT TAATTTCAACTCATTGAAGGCAACTAAGCCTTAATTTCAATTGTACATAG CTGACAGAAGGAACAGTTAAGTAGAAAGGACAAAGATAATGGTGTAAAAG ATTGCTTGATGGGAAAATTGATTAGTTCTTCTTTGAGTAAATATTGTTCA TCACCCTAAATTTTTTCTTTTCGACCTATAAGTTCTCAATTTGAGATCAT TTTCTGGGGGCGTTTATAGAATTTAATGCGTCAGTAGATCAGTTGCACAG TCCATTACCTCGAGCATTGTTTGGCCTTTCCCTTTCTAATATCTAGACCA GATTGTATGTCATGCCACAGAAAGCTGATGAGGGCTAATTAGATTTTAGC CAAAATATATGCTATTTTTACAAGTGTGTGCACAGGACCGGTTGCTGATG ACATGTTCCACTGGCAAGCAACAATCATGGGTCCAGCTGATAGCCCATTT GCTGGTGGTGTGTTTCTTGTAACAATTCACTTTCCTCCAGATTATCCCTT CAAGCCGCCCAAGGTAATATATATACTCTTTTGGACTTTCATTTCTGTTT CAATTTATTGATTATCCTACCCTTATCATTTATCATTTATAATTTATCAT ACTTCTTTCTGTGCATAGAACAGTTATTTTAATCATTTATATTATTTGGG CGTTAGATGTTCTGTTCTCTTGCTAATAAAAGATTAAGTGATTGGCACTC GAATGCCTTTTCTATCATCTTTTGTATGTGTTACACAGTCTCTCTCTCTC TTTCTCTCTCTCTGGTAGTTGTCATTTCTTTATTCTGTTCTATAGCTTAC TTCATAAAATGTTGAAAGTGTAGGATCTGAATGCACATTGTATATATAGT GTTTGCAGCTAGGCAATCTCCCATGGATCTGATGGTTTAGAATGTAAACT CATTGCACATTTTTCTTGGCAAGTTCTTAATTATGTTGAATGGGGATGCA TATAATTTTTTGCTTGCTTATTGCATCTCTCATTATGGGATATGATAGAA GTTATTGCTTTGTTTTGATTTCCTTCTAACAGTAGAAATAATCTGGATAG GTTTCCTTCCGAACTAAAGTTTTCCATCCAAACATCAACAGTAATGGTAG CATATGTCTTGACATTCTCAAAGAGCAATGGAGCCCTGCCCTTACTATAT CCAAGGTATTATTACTTTTCCCTCAAGATTCATTGTTATGGTCCCAGGTC ATGGATCGTGGCACAAAATGATTGATAGGAAAGGAGCTTAGTGGAGGGAG CTTTTAACACCTCAGATTCATTAACGAGAGAGTCTTAAATCTCAATTGTA TTTGCAATTTATCTGTTTATTGAATAAAAATGGACCCTTGTATAGTGAAA GTTTATACATTCATAGTATTTCTAATTAAAATAGAAGTCTAATACAAGTA ATTCTTAGATAATAAATTATTAAGATAAAAGATAAAGATAAAGATAAAAA TCCCATAATAAGATAAGATAATACAGATAATAAATTGGTAGATAAATATG ATTTGTTTGTTATGGATTTGATCTATCTGTTATCCAATTAGTAGATAAAC ATAATCTATTTGTTATGATTTAGTCTATCTATAATTCATATATTCATTGT TTTCTTTCACTGCGTAAATCATGACTGTTTTCATTCTGTCTAACCAAATT TGTGTTCTATATATCTTCTCATGAGATGCAATCTATTATAATTCATGATT TTATTATGCTGATGTTAGATTTGCATTAAATTTCTAACTAGGTATAAGAT TCTCTCTTGTAGGTTCTCTTGTCAATCTGCTCGCTCCTGACTGATCCAAA CCCAGATGACCCGTTGGTGCCCGAGATTGCTCACATGTACAAATCAGACA GAGCCAAGTATGAGGCTACTGCTAGATCCTGGACCCAGAAATATGCCATG GGTTAGGTCTCCACATCTTGCTGATCTACGTAATTTGCCTTGTCTTTTTA GTAAATAATAGAAACTTCGGGATCAACTTGGTTGCCTTTGTTTTAAATAT GATATTGGAGTTTTTTCCGTAATGAGAAATTACATTAACAGTGGAACACA ATCATAGTAAAGATCCTAGTACTTTGGATACTACTATGCACATTTGATGG AGAAACTCTTCAGGAGTTGGTGGGTGCAGGCTGTCTTTCAAATTATAATG CAGCATGTTTAGGAAATTCTTAGGTGGATCCTGTCCGTTATTAGGTGTGT AAAC
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Coding sequence (CDS) from alignment at Chromosome01:1096328..1099681+

>Manes.01G006100.1.v6.1 ID=Manes.01G006100.1.v6.1|Name=Manes.01G006100.1|organism=Manihot esculenta|type=CDS|length=447bp|location=Sequence derived from alignment at Chromosome01:1096328..1099681+ (Manihot esculenta)
ATGGCTTCAAAACGGATTAACAAGGAATTGAAGGACCTGCAACGTGATCC
TCCAGCTTCGTGCAGTGCTGGACCGGTTGCTGATGACATGTTCCACTGGC
AAGCAACAATCATGGGTCCAGCTGATAGCCCATTTGCTGGTGGTGTGTTT
CTTGTAACAATTCACTTTCCTCCAGATTATCCCTTCAAGCCGCCCAAGGT
TTCCTTCCGAACTAAAGTTTTCCATCCAAACATCAACAGTAATGGTAGCA
TATGTCTTGACATTCTCAAAGAGCAATGGAGCCCTGCCCTTACTATATCC
AAGGTTCTCTTGTCAATCTGCTCGCTCCTGACTGATCCAAACCCAGATGA
CCCGTTGGTGCCCGAGATTGCTCACATGTACAAATCAGACAGAGCCAAGT
ATGAGGCTACTGCTAGATCCTGGACCCAGAAATATGCCATGGGTTAG
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